Los orígenes de este pequeño terrier se remontan al siglo XVII. Su patria es la isla de Skye, en Escocia, donde el clan de los McDonald tuvo durante largo tiempo el monopolio de su cría y aún hoy es tenido en gran consideración, motivo por el cual se explica que, hasta comienzos de este siglo, la raza se denominara Skye terrier. (El nombre actual deriva de la palabra cairn, que en lengua gaélica designa las hendiduras rocosas en las cuales se refugian los zorros a los que este perro da caza.) Se piensa que este perro ha contribuido a la formación de otras razas de terrier escoceses, como el West Highland y el Scottish terrier. Durante muchos años ha permanecido como un hecho exclusivo de escoceses e ingleses y su aparición en otros continentes (América y Australia), se produjo no hace muchos años.